Frans Lebu Raya juga tercatat sebagai salah satu kader elit PDI Perjuangan. Ia pernah duduk sebagai Ketua DPD PDI Perjuangan Provinsi NTT.
Bahkan dalam beberapa kali Kongres PDI Perjuangan, Frans Lebu Raya didaulat sebagai pemimpin sidang. Termasuk sidang dengan agenda pemilihan ketua umum PDI Perjuangan.***