Besaran PNBP dari TNK terus menunjukkan peningkatan dari tahun ke tahun. Berdasarkan data dari KLHK, setoran PNBP dari TNK sebanyak Rp. 5,4 M di tahun 2014, Rp. 19,20 M di tahun 2015, Rp. 22,80 M di tahun 2016, dan Rp. 29,10 M di tahun 2017.
Pada 2018 nilai setoran PNBP dari Taman Nasional Komodo telah mencapai Rp. 33,16 M.***